Методика просторового аналізу активності генів in situ (на препараті) запропонована групою з Гарвардського університету в Бостоні, пише Ремедіум. Робота виконана на культурі клітин сполучної тканини, найбільшу увагу було приділено клітинам здатним до міграції, які відіграють важливу роль у процесі загоєння ран. З 6880 секвенованих генів дослідники визначили зміну експресії у 12-ти, роль восьми з них у загоєнні ран раніше не була відомою. В основі методики - фіксація РНК на її місці в клітині і визначення послідовності молекули (секвенування).
Для реалізації необхідно виконання послідовних процедур. Насамперед - закріплення тканини на предметному скельці і видалення клітинних мембран зі збереженням основного складу клітини. Далі до тканини додавали фермент зворотну транскриптазу для перетворення всіх молекул РНК в молекули одноцепкову ДНК. Після використовували фермент полімеразу для створення безлічі копій кожної такої ДНК, які залишалися об'єднані в кластери для більш зручного виявлення. Візуалізацію здійснювали за допомогою флуоресцентних міток і спеціальних комп'ютерних програм, що забезпечують кольорове тривимірне зображення. Таким чином, була отримана картина, що відображає як місце розташування РНК в клітині, так і кількість РНК. Тобто, за такою картинкою можна судити про функціональну активність окремих генів у певних клітинних структурах.
Доктор медицини і біолог Джей Лі (Jay Lee), який зробив важливий внесок у розробку цієї методики, сказав, що їх робота схожа на реалізацію фантастичних проектів з фільму «Матриця», де Нео бачить код, що лежить в основі всього навколишнього світу. Він висловив переконання, що сучасна біологія повинна бути саме такою.
Відомо, що у всіх клітинах організму набір генів є однаковим. Але далеко не всі гени працюють постійно. Властивості різних тканин залежать саме від того, які гени виявляють у них активність. Функціонування гена полягає в здатності утворювати молекулу РНК, яка в подальшому дасть початок білку. Саме з цього, аналіз РНК клітини дає відповідь на питання про експресії генів.
Можливе застосування методики на багато ширше, ніж простий дослідницький інтерес до експресії генів. Наприклад, найпередовіший спосіб маркування нейронів при дослідженні нервової системи є обмеженим, а використання представленого методу може значно розширити можливості нейронауки завдяки застосуванню коротких молекулярних міток.
